飲料無菌包裝產品殺菌計算和控制是無菌包裝能否取得成功的關鍵技術之一。無菌包裝產品殺菌計算依賴于殺菌溫度和殺菌時間。如果無菌處理系統采用的是間接式熱交換器，除了產品在高溫下的保持管中取得殺菌值之外，加熱和冷卻過程中也產生一定的殺菌值。這兩部分的殺菌值加起來是整個殺菌過程的殺菌值。

液體飲料代加工無菌包裝的關鍵技術在于包裝材料或包裝容器的殺菌，無菌性的獲得和保持。為了達到上述兩個目的，對無菌包裝系統關鍵控制點的監控和記錄是很重要的。與傳統的生產方式相比，無菌系統的自動記錄和監測任務要重得多，這是因為無菌包裝固有技術的復雜性和諸多關鍵因子的關聯性決定的。

嚴格的檢驗措施也是確保無菌冷灌裝工藝順利實施的重要保證。無菌灌裝間的操作要求極為嚴格，必須按照操作規程進行。在灌裝過程中，化驗人員必須使果汁無菌包裝件實行在線檢驗。灌裝機剛調整后，在貼管之前,自立袋，每10min抽檢兩盒，檢查成型、封合粘貼質量及灌裝容量；在運行正常后，每30min抽檢兩盒，檢查內容相同。